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Talus Bio apre ai ricercatori il portale Ptarmigan-1 per la scoperta di farmaci
Talus Bio ha aperto un portale pubblico per Ptarmigan-1, il suo modello di IA che prevede il legame di piccole molecole senza richiedere una struttura proteica. Il lancio offre ai ricercatori un numero limitato di screening giornalieri, men
AI.info Team · Scritto con l’IA ·
Il 1° ottobre Talus Bio ha aperto un portale web che permette ai ricercatori di testare Ptarmigan-1 su proteine bersaglio umane, dando loro accesso diretto a un modello progettato per prevedere il legame di piccole molecole senza dover prima costruire una struttura proteica tridimensionale. Il lancio rende disponibile l’approccio senza strutture dell’azienda per screening limitati tramite un servizio basato su account, non per ricerche senza restrizioni tra miliardi di composti.
Quali screening possono effettuare i ricercatori nel portale
Gli utenti possono scegliere una proteina ed effettuare uno screening su un massimo di 10.000 composti alla volta, utilizzando la libreria di Talus Bio, che comprende farmaci noti, sonde e decoy, oppure caricando i propri composti. L’azienda limita l’uso a 10 screening al giorno. I risultati includono le regioni di legame previste, con una risoluzione a livello di residuo, e le possibili interazioni con altre proteine; gli utenti possono anche visualizzare le previsioni sovrapposte a una struttura tratta dal database di AlphaFold.
Questa sovrapposizione visiva non significa che Ptarmigan-1 si basi sulla struttura mostrata. Talus afferma che il modello formula le previsioni a partire dalla sequenza proteica e da informazioni chimiche bidimensionali, senza costruire una configurazione tridimensionale del legame. Secondo la descrizione pubblicata dall’azienda a luglio, il modello colloca i residui proteici e i composti in uno spazio matematico condiviso, dove la vicinanza indica una possibile interazione.
Le prestazioni dichiarate su larga scala vanno oltre i limiti del portale pubblico
Il limite di 10.000 composti del portale web è distinto dalla scala molto più ampia che Talus dichiara per il modello sottostante. Nella pagina dedicata al modello, l’azienda afferma che il preprint descrive lo screening di 3,4 miliardi di composti su 20.431 proteine e che il recupero dei ligandi migliori richiede 20 ore-GPU H100 dopo che la libreria di composti è stata incorporata come rappresentazioni vettoriali. Talus dichiara inoltre una capacità di elaborazione circa 5.000 volte superiore a quella di Boltz-2, ma sul suo sito precisa che il confronto riguarda un benchmark EGFR su una H100, misurato su esecuzioni in batch.
Nel suo annuncio di ottobre, Talus afferma che il modello può effettuare in un giorno lo screening di 3,4 miliardi di composti su tutte le proteine umane e riferisce che Ptarmigan-1 ha ottenuto risultati migliori degli approcci basati sulle strutture in un test che coinvolgeva STAT6, un bersaglio con un sito di legame difficile da modellare. L’azienda afferma che il modello ha individuato nuovi composti per la tasca flessibile di STAT6 e che un laboratorio terzo ha validato quei candidati. Il comunicato non fornisce i dati della validazione né descrive nel dettaglio i metodi dell’esperimento.
Risultati di un preprint, non un candidato farmaco
L’articolo scientifico su Ptarmigan-1 è apparso su bioRxiv a luglio come preprint. Gli autori ne descrivono così l’impostazione centrale: «Separando il riconoscimento molecolare dalla struttura, Ptarmigan-1 riformula lo screening virtuale come un indice riutilizzabile che migliora continuamente man mano che i dati si accumulano». L’articolo riporta test su diversi tipi di bersagli e afferma che il modello localizza i composti nei siti di legame, anche per bersagli esclusi dall’addestramento.
Talus afferma che Ptarmigan si avvale di MARMOT, la sua piattaforma di proteomica per misurare il comportamento delle proteine e le interazioni con i composti nelle cellule umane vive. L’approccio dell’azienda è pensato per aiutare a studiare proteine flessibili o disordinate, difficili da rappresentare con strutture fisse. Questo non dimostra che un composto previsto dal modello funzionerà come farmaco: Ptarmigan-1 ordina le possibili interazioni, mentre i test sperimentali devono stabilire se le previsioni reggono alla verifica.
L’accesso prevede un limite giornaliero ristretto
È possibile creare un account sul portale, ma i limiti attuali restringono l’uso pubblico a singoli bersagli e a librerie di composti più piccole. Talus afferma che screening più ampi e campagne mirate a bersagli specifici sono disponibili tramite collaborazioni dirette, mentre descrive come prossimamente disponibili screening ampliati via web e basati su agenti. Per ora, l’offerta concreta è di 10 screening al giorno, ciascuno su non più di 10.000 composti.